第一批名录：10个，1999年4月公布
水稻 、玉米、马铃薯、大白菜、菊属、春兰、石竹属、唐菖蒲属、紫花苜蓿、草地早熟禾
第二批名录：9个，2000年3月公布
普通小麦 、大豆、甘蓝型油菜、花生、普通番茄、黄瓜、辣椒属、梨属、酸模属
第三批名录：4个，2001年2月公布
兰属 、百合属 、鹤望兰属、补血草属
第四批名录：7个，2001年12月公布
甘薯、 谷子、桃、荔枝、普通西瓜、结球甘蓝、食用萝卜
第五批名录：11个，2003年7月公布
高粱、大麦属、苎麻属、苹果属、柑橘属、香蕉、猕猴桃属、葡萄属、李、茄子、非洲菊
第六批名录：21个，2005年5月公布
棉属、亚麻、桑属、芥菜型油菜、蚕豆、绿豆、豌豆、菜豆、豇豆、大葱、西葫芦、花椰菜、芹菜、胡萝卜、白灵侧耳、甜瓜、草莓、柱花草属、花毛茛、华北八宝、雁来红
第七批名录：12个，2008年6月公布
橡胶树、茶组、芝麻、木薯、甘蔗属、小豆、大蒜、不结球白菜、花烛属、果子蔓属、龙眼、人参
第八批名录：6个，2010年1月公布
莲、 蝴蝶兰属、秋海棠属、凤仙花、非洲凤仙花、新几内亚凤仙花
第九批名录：13个，2013年4月公布
芥菜、芥蓝、枇杷、樱桃、莴苣、三七、苦瓜、冬瓜、燕麦、芒果、万寿菊属、郁金香属、烟草
第十批名录：45个，2016年4月公布
向日葵、荞麦属、白菜型油菜、薏苡属、蓖麻、菠菜、南瓜、丝瓜属、青花菜、洋葱、姜、茭白（菰）、芦笋（石刁柏）、山药（薯蓣）、菊芋、咖啡黄葵、
杨梅属、椰子、凤梨属、番木瓜 、木菠萝（菠萝蜜）、无花果、仙客来、
一串红 、三色堇、矮牵牛（碧冬茄）、马蹄莲属 、铁线莲属 、石斛属、萱草属、薰衣草属、欧报春、水仙属、羊肚菌属、香菇、黑木耳、灵芝属、双孢蘑菇、
枸杞属、天麻、灯盏花（短莛飞蓬）、何首乌、菘蓝、甜菊（甜叶菊）、结缕草
第十一批名录：53个，2019年2月公布
甜菜、稷（糜子）、大麻槿（红麻）、可可、苋属、狗牙根属、鸭茅、
红车轴草（红三叶）、黑麦草属、羊茅属、狼尾草属、白车轴草（白三叶）、
魔芋属、芋、荠、蕹菜（空心菜）、芫荽（香菜）、韭菜、紫苏 芭蕉属 、
量天尺属、西番莲属、梅、石蒜属、睡莲属 、天竺葵属、鸢尾属、芍药组 、
六出花属、香雪兰属、蟹爪兰属、朱顶红属、满天星、金针菇、蛹虫草、长根菇、
猴头菌、毛木耳、蝉花、真姬菇、平菇（糙皮侧耳、弗罗里达侧耳）、
秀珍菇（肺形侧耳）、红花、淫羊藿属、松果菊属、金银花、柴胡属、 黄芪属、美丽鸡血藤（牛大力）、穿心莲 、丹参、黄花蒿、砂仁
林业方面的名录：
第一批：
毛白杨、泡桐属、杉木、木兰属、牡丹、梅、蔷薇属、山茶属；
第二批：
杨属、柳属、桉属、板栗、核桃属、枣、柿、杏、银杏、油桐属、红豆杉属、杜鹃花属、桃花、紫薇、榆叶梅、腊梅、桂花；
第三批：
松属、云杉属、落羽杉属、圆柏属、鹅掌楸属、木瓜属、金合欢属、槐属、刺槐属、丁香属 、连翘属、黄杨属 、大戟属、槭属、沙棘属、臭椿属、簕竹属、箬竹属、刚竹属、省藤属、黄藤属。
第四批：
苏铁属、崖柏属、罗汉松属、桦木属、榛属、栲属、榆属、榉属、桑属、榕属、芍药属、木莲属、含笑属、拟单性木兰属、樟属、润楠属、继木属、紫檀属、花椒属、黄皮属、黄栌属、卫矛属、栾树属、蛇葡萄属、爬山虎属、石榴属、常春藤属、紫金牛属、白蜡树属、枸杞属、梓树属、忍冬属
第五批：
六道木属、冷杉属、五加属、酸竹属、七叶树属、木通属、合欢属、桤木属、沙冬青属、紫穗槐属、桃叶珊瑚属、小檗属、木棉属、叶子花属、构属、醉鱼草属、紫珠属、凌霄属、旱莲木、锦鸡儿属、鹅耳枥属、山核桃属、决明属、栗属、木麻黄属、雪松属、朴属、三尖杉属、紫荆属、方竹属、流苏树属、南酸枣、铁线莲属、大青属、山茱萸属、栒子属、山楂属、柳杉属、瑞香属、珙桐属、牡竹属、胡颓子属、杜英属、麻黄属、杜仲、箭竹属、皂荚属、梭梭属、金缕梅属、木槿属、沙棘属、坡垒属、绣球属、金丝桃属、山桐子属、冬青属、八角属、大节竹属、蓝花楹属、素馨属、麻风树、刺柏属、油杉属、紫薇属、落叶松属、胡枝子属、女贞属、山胡椒属、枫香属、木姜子属、滇丁香属、苹果属（除水果外）、野牡丹属、楝属、水杉属、杨梅、白刺属、红豆属、木犀属、黄檗、楠属、石楠属、黄连木属、化香树属、侧柏属、苦竹属、金露梅、李属（除水果外）、枫杨属、青檀属、栎属、悬钩子属、接骨木属、无患子属、乌桕属、檫木、木荷属、秤锤树属、珍珠梅属、花楸属、火焰树属、绣线菊属、山矾属、台湾杉属、柽柳属、柚木、夜来香属、厚皮香属、吴茱萸属、椴树属、香椿属、榧树属、越桔属、荚蒾属、牡荆属、锦带花属、紫藤属、文冠果、枣属